המדינה, בתגובתה לעתירה, מכירה בחובתו של המפקד הצבאי לכבד את זכותם של התושבים המקומיים לרכוש פרטי, ואף מסכימה כי במתוה כרוכה "פגיעה בזכות השמוש הכללית שבידי העותרים". לצד זאת, סבורה המדינה כי זכות זו אינה מוחלטת, וכי קיימת סמכות לפגוע בה באופן זמני בשל הצורך לאזנה "מול אינטרסים מהותיים ומשמעותיים אחרים".
בית משפט זה הכיר בפסיקותיו בסמכותו של המפקד הצבאי לפי תקנה 46 לפגוע בזכויות הקניין של תושבי האיזור המוגנים על רקע תכליות מגוונות, הן כאלו הנובעות מטעמים צבאיים (ראו לדוגמה, בהקשר גדר הבטחון: בג"ץ 8222/08 חברת "דוקא" בע"מ נ' מפקד כוחות צה"ל (21.12.2009); עניין מראעבה) והן כאלו הנובעות מטעמים אזרחיים (ראו לדוגמה: בג"ץ 281/11 ראש מועצת בית איכסא נ' שר הבטחון (6.9.2011) (להלן: עניין בית איכסא), בג"ץ 401/88 אבו ריאן נ' מפקד כוחות צה"ל באיזור יהודה ושומרון, פ"ד מב(2) (1988) ועניין ג'מעית אסכאן, בהם הותרה הפקעת מקרקעין או תפיסתם לצורכי תחבורה; וכן עניין בית לחם ועניין הס, בהם הותרה תפיסת מקרקעין לשם הבטחת חופש הפולחן של מתפללים יהודיים).
על דרך פרשנותה הראויה של תקנה 46 עמד השופט (כתוארו אז) א' ברק בעיניין ג'מעית אסכאן, שם קבע:
"תקנות האג קובעות הוראות בכל הנוגע להפקעה או לתפיסה של רכוש למטרות צבאיות. אין בהן כל הוראה באשר להפקעה או לתפיסת חזקה, הבאות לטובת האוכלוסיה המקומית על-פי הדין המקומי. האם יש להסיק משתיקת תקנות האג הסדר שלילי בעיניין זה? האין לומר, כי הוראת תקנה 46 לתקנות האג, לפיה אין להחרים (confiscate) רכוש פרטי, שוללת הפעלת הדין המקומי? התשובה על כך היא בשלילה. הגישה המקובלת היא, כי מהסדרי התקנות בעיניין הפקעה או תפיסה למטרות הצבא אין ללמוד הסדר שלילי לעניין הפקעה או תפיסה למטרות 'אזרחיות' על-פי הדין המקומי. נהפוך הוא: הגישה המקובלת היא - והיא יונקת חיותה מהוראות תקנה 43- כי מימשל צבאי רשאי להפקיע או לתפוס חזקה ברכוש הפרט על-פי הדין המקומי, ובילבד שהדבר נעשה על-פי תנאיו של אותו דין ולמטרות האוכלוסיה המקומית. אשר להוראת תקנה 46, היא נועדה לחול במקום שאין דין מקומי המאפשר הפקעה ותשלום פיצויים [...] סיכומו של דבר: הדין המקומי, המאפשר הפקעה או תפיסה לצורכי ציבור, ממשיך להתקיים - כל עוד לא בוטל או שונה כדין - גם בתקופת התפיסה הלוחמתית. מכוח דיני המילחמה מוחזקת סמכות ההפקעה בידי המימשל הצבאי. זה רשאי לעשות בה שימוש, בלבד שנתקיימו שלושה תנאים מצטברים: ראשית, מפעיל הסמכות פועל על-פי הדרישות הקבועות בחוק המקומי; שנית, הפעלת הסמכות הנה לטובת האוכלוסיה המקומית, כנדרש עלפי תקנה 43 לתקנות האג; שלישית, בעל הסמכות מפעיל את הסמכות על-פי כללי היסוד של המשפט המנהלי הישראלי, כגון מתן זכות שמיעה לפני ההפקעה או התפיסה" (שם, עמ' 809-808).
על טיבו של מבחן משנה זה עמד הנשיא א' ברק בעיניין עדאלה – שר הבטחון, באומרו:
"מבחן משנה זה נושא על כתפיו, בעקרו של דבר, את התפיסה החוקתית, כי המטרה אינה מקדשת את האמצעים. הוא ביטוי לרעיון כי קיים מחסום ערכי, שהדמוקרטיה אינה יכולה לעבור אותו, גם אם התכלית אותה מבקשים להגשים היא ראויה" (שם, פסקה 30).
ובהתייחס לזכויות הקניין של הישראלים המתגוררים באיזור הוסיף וקבע בית משפט זה:
"זכות קניין זו היא מוגבלת בהיקפה [...] למרבית הישראלים בשטח המפונה אין בעלות במקרקעין שעליהם הם בנו את בתיהם ועסקיהם בשטח המפונה. את זכויותיהם הם רכשו מהמפקד הצבאי, או ממי שפועלים מטעמו. אלה אינם בעלי הרכוש, ואין הם יכולים להעביר יותר זכויות משיש להם. עד כמה שהישראלים בנו בתיהם ונכסיהם על קרקע שאינה פרטית ('קרקע מדינה') זו אינה בבעלותו של המפקד הצבאי. סמכויותיו קבועות בתקנה 55 לתקנות האג [...] מדינת ישראל משמשת [...] כמי שמנהלת את הרכוש הממשלתי וכמי שרשאית להפיק ממנו טובת הנאה" (עניין חוף עזה, עמ' 585-584).
...
סבורני כי חשיבותו המיוחדת של הפינוי בהסכמה במקרה של מאחז עמונה; פרק הזמן המוגבל של ההסדר המוצע – במסגרתו מהווה הכרעת הערכאה המוסמכת באשר למתכונת הפירוק תנאי הכרחי (ואף לא בלעדי) לקידום התיישבות קבע במקום; והפגיעה הקטנה יחסית בזכויות בעלי האדמות הפלסטיניים, מובילים למסקנה כי ראוי היה לאפשר למתווה המוסכם לצאת לדרכו.
סוף דבר, התנהלות המדינה בענייננו נגועה בפגמים.
אף על פי כן, נוכח הפגיעה המצומצמת יחסית בזכויות בעלי האדמות – שאף עשויים לצאת נשכרים מפירוק השיתוף, ונהנו מזכות טיעון בהיקף מסוים; בהתחשב במשקל שנודע לפינוי מאחז עמונה בהסכמה, לאור נסיבותיו הייחודיות; ומאחר וההסכמה הייתה מבוססת על עמדת היועץ המשפטי לממשלה או מי מטעמו – הגם שאין בכך לחייב את בית המשפט – סבורני כי לא היה מקום להתערב בשיקול דעתם של המפקד הצבאי והממונה ולפסול את המתווה המוסכם.