בצד חזרתה על טענת השהוי שעליה עמדה גם המדינה, סבורה הרכבת כי יש לדחות את העתירה על הסף גם מחמת אי ניקיון כפיים מצד העותרים, שהתבטא בכך שהם לא גילו בעתירתם את כל העובדות הדרושות לשם הכרעה בה. בין היתר טוענת הרכבת כי גירסתם העובדתית של העותרים שלפיה לא פחות מ-500 עצי זית המשמשים לפרנסתם ייכרתו כתוצאה מן ההפקעה, אינה נכונה שכן על גבי המקרקעין מצויים רק 14 עצים שיועתקו מן השטח, ואף הם נטושים, לא מעובדים ואינם משמשים לפרנסה.
סעיף 24 לחוק תיכנון ערים קובע לעניין הפקדת תוכנית מפורטת להתנגדות כי "ינהגו אותם ההליכים הקבועים בסעיף 20 לחוק". סעיף 20 לחוק זה קובע כי –
"תכנית תיכנון מתארית תופקד, יחד עם ההנחיות המיוחדות הקשורות בה, על-פי החלטת הועדה המחוזית לתיכנון ועל סמך המלצת ועדת מקומית לתיכנון ערים. הודעת ההפקדה תפורסם בעתון הרישמי, ובשני עיתונים מקומיים, ותוצג למשך חודשיים, ממועד הפירסום בעתון הרישמי, במשרדי הועדה המקומית לתיכנון ערים. הודעה על דבר ההפקדה, תמסר במידת האפשר, לבעלי הקרקעות הכלולות בתוכנית".
לעניין פירסום בעתון הרישמי, נקבע בצו בדבר פרשנות (הוראות נוספות) מס' 2 (איזור הגדה המערבית) (מס' 161), תשכ"ח-1967, כי זה יתפרש כמדבר ב"פירסום ברבים בדרך המספיקה, לדעת מפקדת כוחות צה"ל באיזור, להביאה לידיעת הנוגעים בדבר".
...
הנה כי-כן, בהינתן הממון שהוצא עד כה, החוזים שנחתמו והזמן שהושקע בהליכי התכנון ובביצוע עבודות הלכה למעשה, מסקנתי היא כי קבלת העתירה בעת הנוכחית תביא לפגיעה קשה באינטרס הרכבת, באינטרסים של צדדים שלישיים המעורבים בפרויקט ומעל לכל אלה – באינטרס הציבורי.
אף מבלי להידרש לטענות אלה של המשיבים לגופן, סבורני כי בעובדה שלא נעשה על-ידי הרכבת ניסיון מכוון לפגוע בזכויות או להפר את הדין הבינלאומי, ובעובדה שפעולותיה בוצעו תוך התייעצות עם גורמים משפטיים ובאישור היועץ המשפטי לממשלה בדבר חוקיות התוואי בהתאם לאמות המידה של הדין הבינלאומי, יש כדי ללמד על תום הלב בהתנהגות הרשויות ועל רצונן להגיע להסדר שעולה בקנה אחד עם הוראות הדין (בלי שאנו נדרשים לשאלת חוקיות ההסדר).
הצטברותם של הטעמים האמורים הביאה אותי למסקנה כי אפילו הנחתי קיומה של פגיעה בשלטון החוק בעקבות ההפקעה – סוגיה שלא ראיתי לקבוע בה מסמרות במסגרת העתירה שלפנינו – אין מדובר בפגיעה שעוצמתה גוברת באיזון הכולל, על הנזק שייגרם לאינטרסים של הרכבת, של צדדים שלישיים וכן לאינטרס הציבורי, במידה המצדיקה דיון בעתירה חרף השיהוי בהגשתה.
