על פי הודעת ההפקעה, הפקעת בית דג'אני (וכן רכישת זכות חזקה ושימוש בחטיבת קרקע נוספת באיזור) דרושה "לצורך צבורי של מתקן ואתר המשמש לצורך צבאי ובטחוני לבצוע מיכשול קו התפר [...] באופן דחוף וזאת מנימוקים אלה: השטח דרוש להתמודדות עם הטרור וכדי לסכל, לשבש ולמנוע חדירת פעילות חבלנית מתחומי יהודה ושומרון לישראל בכלל ולמרחב ירושלים בפרט".
ביום 17.11.2011 הגיש העותר היתנגדות להפקעת בית דג'אני.
יחד עם העתירה הוגשה בקשה למתן צו ביניים לפיו יימנעו המשיבים מלהרוס את בית דג'אני עד למתן פסק דין בעתירה.
המשיבים הוסיפו וטענו כי נערכו בנושא דיונים ממושכים, במהלכם התאפשר לעותר ולבאי כוחו להשמיע את כל טענותיהם כנגד ההפקעה ולהציע חלופות לה. במסגרת דיונים אלה, כך נטען, נשקלו כל השיקולים הצריכים לעניין, וכן נבחנה מידתיות ההפקעה, על שלושת מבחני המשנה המרכיבים אותה.
כפי שנקבע בעיניין ראס חמיס, הקמת תואי הגדר הספציפי באיזור שועאפט מגשימה צרכים בטחוניים חשובים: "[...] יש לשקול את העובדה כי הגדר מגשימה את התכלית הביטחונית החשובה של מניעת מעבר חופשי של מחבלים ופעילי טירור אל תוך שטחי ישראל. תועלת זו מקבלת משנה חשיבות, כאשר מדובר בהקמת גדר הבטחון באיזור שועאפט, המהוה נקודת מעבר מרכזית בין שטחי יהודה ושומרון לשטחי ישראל, ונקודת תורפה במערך הכללי של גדר הבטחון" (בפיסקה 24; כן ראו את פסק דינו של בית משפט זה בעתירה הראשונה).
כפי שציין ראש מינהל קשר צבאי וגדר הבטחון עופר הינדי בדיון הראשון בהתנגדות:
"יש שני שיקולים מרכזיים לצורך בהפקעת המבנה. השיקול האחד הוא השיקול הבטחוני, השיקול הבטחוני שמבחינתי כמה שאפשר שצמוד לחומת המיתחם של המעבר יהיה שטח יותר פתוח ונקי מכל דבר, מבחינתי ביטחונית זה מאפשר לי את השליטה עליו יותר טוב. גם באמצעות שטחי צלום של המנעות משטחים מתים, יכולת המיפוי של האוכלוסיה מבעוד מועד, מי מגיע למעבר, השמוש בפלטפורמה של הבנין, לעלות עליו, לזרוק מטענים, לזרוק אבנים, לבצע ירי, כל דבר שאתם חושבים בהיבט הבטחוני, כמובן שמבחינתי הבנין הזה הוא מיטרד בטחוני." (עמ' 38 לפרוטוקול הדיון הראשון בהתנגדות).
...
דין טענות אלה להידחות.
סוף דבר
מהטעמים המפורטים לעיל, לדעתי יש לדחות את העתירה ולבטל את צו הביניים.
עם זאת, אני סבורה כי לפנים משורת הדין, טוב היו עושים המשיבים לו מצאו דרך לצאת לקראתו של העותר, ולו במידת מה, כך שההפקעה תצא לפועל באופן שייתן מענה לשאיפתו להשתלב באופן השימוש בשטח המופקע.