מספר טעמים מצביעים, לשיטת העותרים, על אי-חוקיותה של ההכרזה, ונראה כי ניתן לחלק טעמים אלו לשתי קבוצות טיעון עיקריות;
קבוצת הטיעונים הראשונה מהוה מעין "טיעון מסגרת" היוצא נגד המדיניות שהוחלה במרחב התפר כמכלול, היינו עצם ההחלטה על סגירת השטח והחלת משטר המחייב כניסה ושהייה בו בהיתר מטעם המפקד הצבאי.
כך, למשל, נקבע בבג"ץ 9593/04 ראשד מוראד נ' מפקד כוחות צה"ל ביהודה ושומרון (טרם פורסם, 26.6.2006), להלן: עניין מוראד) פסקה 12 לפסק הדין:
"איזור יהודה ושומרון מוחזק על ידי מדינת ישראל בתפיסה לוחמתית ואין מחלוקת כי המפקד הצבאי, המופקד מטעם מדינת ישראל על האיזור, מוסמך להורות בצו על סגירת השטח כולו, או כל חלק ממנו, ובכך למנוע כניסה או יציאה של אנשים מהשטח הסגור. סמכות זו של המפקד הצבאי נגזרת מכללי התפיסה הלוחמתית, על פי המשפט הבנלאומי הפומבי, ומחובות המפקד הצבאי לדאוג לשלום תושבי האיזור, לבטחונם ולסדר הצבורי באיזור (ראו: סעיף 23(g) וסעיף 52 לתקנות בדבר דיניה ומנהגיה של המילחמה ביבשה, הנספחות לאמנת האג הרביעית מ-1907 (להלן: תקנות האג); סעיף 53 לאמנת ג'נבה הרביעית בדבר הגנת אזרחים בימי מילחמה, 1949 (להלן: אמנת ג'נבה הרביעית); בג"ץ 302/72 חילו נ' ממשלת ישראל, פ"ד כז(2) 169, 178 - 179 (להלן: בג"ץ חילו)). סמכות זו של המפקד הצבאי עוגנה גם בחקיקת הבטחון בסעיף 90 לצוו הוראות הבטחון (ראו, למשל: בג"ץ חילו, בעמודים 174, 179; בג"ץ 6339/05 מטר נ' מפקד כוחות צה"ל בחבל עזה, פ"ד נט(2) 846, 851 - 852)".
עם זאת, למותר לחזור ולהדגיש את שנאמר כבר ברבים מפסקי הדין שיצאו מלפני בית משפט זה, כי בעצם קיומה של הסמכות אין די ועלינו לבחון האם סמכות סגירת השטח בנסיבות העניין שלפנינו הופעלה כדין.
עמדתו המקצועית של המפקד הצבאי היא כי בנסיבות העניין אימוץ הצעתם של העותרים לביטול ההחלטה על סגירת שטח כשהתחליף המוצע הוא עריכת בידוק גופני במעברים לשטח מרחב התפר, אינה מגשימה את התכלית הביטחונית.
גם מעיון בדו"חות הביקורתיים שצרפו העותרים עצמם - המצביעים בעקרם על מציאות חיים קשה עמה מתמודדים התושבים הפלסטינאים - עולה לכאורה כי בכל הנוגע להנפקת היתרים לתושבים קבועים חלו שינויים לטובה בזמן שחלף מאז הוחל משטר ההיתרים; וראו דו"ח ארגון ה-OCHA (United Nations Coordination of Humanitarian Affairs - Office for occupied Palestinian territory) שצורף כנספח ע/34 לתגובתם המשלימה:
"בשנים קודמות, לא הוענקו היתרי תושב קבע למיעוט מקרב הפלסטינאים תושבי האיזור הסגור. הדבר הגביל את יכולתם לעזוב את קהילותיהם כיוון שהמעבר אל יתר חלקי הגדה המערבית מנותב דרך מחסומים ושערים מאוישים. נראה שחריגות אלו תוקנו: כפי שמפורט בהמשך, הקושי העקרי העומד כיום בפני הפלסטינאים כרוך בהשגת היתרי מבקר, להם זקוקים פלסטינאים שאינם תושבי האיזור הסגור, ובייחוד חקלאים, וזאת על מנת להכנס לאזור הסגור הממוקם בחלקה הצפוני של הגדה המערבית..." [ההדגשה הוספה - ד.ב.].
בקשות אילו לקבלת היתרים נבחנות בהתאם לנהלים שקבעו המשיבים ועל-פי המתוה שגובש כמפורט לעיל, ולא עלה בידי העותרים להצביע על כך כי בהנתן העובדה שמדובר בשטח סגור המחייב בדיקה פרטנית קודם מתן היתר כניסה אליו, ניתן לקיים הסדרים אחרים שפגיעתם בזכויות התושבים הפלסטינאים פחותה.
...
כפי שפורט בהרחבה לעיל, ככל שמכירים אנו בצורך הביטחוני שעמד בבסיס הקמת גדר הביטחון, אין מנוס ממניעת כניסה בלתי מבוקרת של פלסטינים לתוך מרחב התפר.
בנסיבות העניין, ובהינתן התשתית העובדתית שהונחה בפנינו, באנו לכלל מסקנה כי בכפוף למספר שינויים שפורטו בהרחבה לעיל, ההחלטה על סגירת מרחב התפר והחלת משטר ההיתרים במרחב עומדת במבחני החוקיות, ומכאן כי לא קמה עילה מצידנו להתערב בה. בקביעתנו זו נשענו כאמור לא רק על ההסדרים גופם, אלא גם על הצהרות המדינה בדבר מהלכים שננקטים על-ידה כל העת, ואשר נועדו להביא לשיפור מערך הטיפול בבקשות השונות כמו גם להקלת הנגישות למרחב התפר, תוך צמצום הפגיעה הנגרמת באורח חיי התושבים הפלסטינים.
אשר על כן, ונוכח כל האמור לעיל, באנו לכלל מסקנה כי בכפוף להערותינו בסעיף 36 ובסעיף 39 בכל הנוגע לשינויים הנדרשים בהקלת מעבר התושבים הקבועים לשטחי המרחב; אימוץ גישה מרחיבה בעניין העילות בעטיין ניתן לבקש הכרה של תושב קבוע ובעניין הנפקת היתרי "בעל עניין מזדמן" שאינם נופלים בגדר הקבוצות שנקבעו בהוראות, וכן ביחס לקביעת סד זמנים ברור לטיפול בבקשות השונות המוגשות למינהל האזרחי; דין העתירות להידחות, בלא צו להוצאות.