בסופו של יום, במישור הפרטני, היתקבל עירעורו של פקיד השומה על פסק הדין בענין סמי; על בסיס העובדות הספציפיות לאותו מקרה נקבע, כי פקיד השומה לא חרג ממסגרת תקופת השנה שנקצבה בסעיף 152(ג) לפקודת מס הכנסה, ומיצה את השמוש בסמכותו בכך שהמציא לסמי את צו השומה בתוך תקופה זו. לעומת זאת, ערעור פקיד השומה בענין המשיבה נדחה.
קביעות אלה לא היו נתונות לפרשנויות שונות, ולא היו הסתייגויות מהן, עד שניתן פסק הדין בענין סמי במאי 2004, בו נקבע לראשונה בערכאה הדיונית, תוך סטייה מההלכות המנחות, כי לענין תקופת ההתיישנות, הפעלת סמכויות פקיד השומה על פי סעיף 152(ג) לפקודת מס הכנסה כוללת לא רק את עצם מתן ההחלטה בהשגה, אלא גם את שליחתה לנישום.
כך למשל קבעה השופטת ב' אופיר-תום בבית המשפט המחוזי בתל אביב-יפו עוד בשנת 2002 (ההדגשה הוספה):
"אני רואה להביע תמיהתי החוזרת על נוהגיו של המשיב בהוצאת הצוים על ידו בעניני מס הכנסה, בשעה שתים-עשרה, או, דקה קודם לתום המועד שהוקצה לו בחוק לעשות כן. נבצר ממני להבין, מהו שמונע מן המשיב, כימעט בדרך של שיגרה, להוציא צוים בזמן סביר, לאורך כל תקופת השנה שנקצבה לו בפקודה, החל מיום הגשת ההשגה, ולו, עד שבוע או שבועים קודם לתום תקופה זו. והרי, הוצאת הצוים במועד סביר כאמור, זמן מה לפני תום תקופת ההתיישנות, די היה בה כדי להשמיט כל בסיס מאותן מריבות קטנוניות, ומאותה ווכחנות סרק החוזרות ומשתלטות על הדיונים בתיקי מס אלה, בשל הטיפול בהם ברגע האחרון ממש. ביזבוז הזמן הבלתי נסבל יחד עם ביזבוז המשאבים, הן של הצדדים והן של בית המשפט, הנדרשים להקדיש זמן לשאלה, אם הוצא הצוו יום קודם לתום מועד ההתיישנות, או יום לאחריו, מעוררים בעיני תמיהה קשה.
ובמקום אחר הוא הוסיף:
"את טענת העותרת, שלפיה סטה פסק-הדין בפועל מההלכות הקיימות, יש להבין כמתייחסת, לכל היותר, לטעות ביישומן של ההלכות הקיימות על נסיבות המקרה; אך טענה מעין זו, כידוע, אינה מצדיקה דיון נוסף" (דנ"א 6714/02 קופת חולים של ההסתדרות הכללית של העובדים בארץ ישראל נ' פלוני, פסקה 5 (לא פורסם, 7.4.2003)).
זו לשון סעיף 152(ג) לפקודת מס הכנסה:
"אם בתוך שלוש שנים מתום שנת המס שבה נימסר הדוח לפי סעיף 131, ובאשור המנהל - בתוך ארבע שנים מתום שנת המס כאמור, או בתום שנה מיום שהוגשה השגה, לפי המאוחר מביניהם לא הושג הסכם כאמור בסעיף קטן (א), ולא השתמש פקיד השומה בסמכויותיו (הדגשה הוספה - א"ר) לפי סעיף קטן (ב), יראו את ההשגה כאילו התקבלה; ואולם השגה שהוגשה על שומה שנערכה לפי סעיף 145(ב), יראו אותה כאילו התקבלה רק אם לא השתמש פקיד השומה בסמכויותיו כאמור בסעיף זה, בתוך ארבע שנים מתום שנת המס שבה הוגשה, ובאשור המנהל - בתוך חמש שנים מתום שנת המס כאמור".
מלות המפתח לענייננו הן "ולא השתמש פקיד השומה בסמכויותיו". אין ניתן לומר כי "השמוש בסמכויות" הוא מעשה שבין הפקיד לבין עצמו; הוא מעשה שבינו לבין הנישום, ועליו להיות גלוי וידוע.
...
אולם, כרוב חבריי ומן הטעמים שפרטו אני סבורה כי מן הראוי להחיל הלכה זו גם לגביה.
בעניין זה אני נוטה לדעה כי יש מקום להחילה בהינתן העובדה כי התכלית שהובילה לקביעת ההלכה החדשה והרציונאליים העומדים בבסיסה אינם שונים גם בכל הנוגע להוראות סעיף זה. אולם שאלה זו לא עלתה ולא נתלבנה בע"א 5954/04, וככל שהדבר נוגע לתחולה בזמן אני סבורה כי מכל מקום לגבי סעיף 82(ד) לחוק מס ערך מוסף יש להחיל את ההלכה החדשה באופן פרוספקטיבי בלבד.
במילים אחרות, אני סבורה כי בגדר ההליכים התלויים ועומדים שעליהם תחול הלכה זו באופן רטרוספקטיבי, אין לכלול הליכים הנוגעים להחלטות מנהל מס ערך מוסף על פי סעיף 82(ד) לחוק מס ערך מוסף.
