במצב הדברים הרגיל בית המשפט יימנע מלהתערב בשקול הדעת של הרשות המבצעת אלא אם נפל בה אחד או יותר מהמריעין בישין של המשפט המנהלי, כגון אי סבירות, העידר מידתיות, הפרה של כללי הצדק הטבעי, הפליה, שרירות, חריגה מסמכות וכיו"ב. לא כך כאשר בפרס ישראל עסקינן.
"לועדת השופטים נתון שיקול דעת רחב ביותר, בהיותה גוף המונחה בשיקולים מקצועיים ובידיו הידע והנתונים לקבל החלטה [...] מקום שהחלטתה של ועדת השופטים להעניק את פרס ישראל למאן-דהוא התקבלה בתום-לב ועל בסיס שיקולים מקצועיים עינייניים, אין כ[כלל עילה]להתערבות בית משפט זה בתוכן ההחלטה" (עניין שטרנהל, [פסקה]6 וההפניות שם).
הכל כבר נאמר בעיניין שטרנהל ואחזור ואביא דברים בשם אומרם:
"בעוד פרס ישראל ניתן בגין הישגים מקצועיים ראויים להערכה, ההתבטאויות בהן מדובר על פי רוב נעשות מחוץ למסגרת המקצועית בגינה ניתן הפרס. במצב דברים זה קשה שלא לראות את מניעת הפרס ממי שנימצא ראוי לו בשל הישגיו המקצועיים, אך על בסיס עמדות שהביע, כפגיעה בחופש הביטוי, ולו באופן עקיף. תוצאה שכזו יש לה אפקט של 'סתימת פיות' שאין לה מקום במשטר דמוקרטי, שהלוא מהו המסר המתקבל אם לא מסר של השתקה? עצם הידיעה כי הבעת דיעה שאינה פופולרית עשויה לשאת כעבור זמן תוצאות במישור שיש לו היבט מקצועי, גם אם על דרך של הענקת פרס, אינה מתיישבת עם תרבות של חופש ביטוי במשטר דמוקרטי" (שם, [פסקה]10).
אך זאת, בהיתחשב במכלול נסיבות המקרה – חומרת הדברים, עדכניותם, תכיפותם וכיו"ב.
שר החינוך השתית את החלטתו על הפרסומים הבאים (חלקם הובאו לידיעתו רק לאחר החלטתו לדחות את החלטת ועדת השופטים):
(-) מכתב משנת 2005 – מכתב לעיתון ה"גרדיאן" הבריטי, שעליו חתומים מספר אנשי אקדמיה, שם נטען כי אוניברסיטת אריאל מנוגדת לחוק הבנלאומי.
...
נמצאנו למדים, אפוא, כי בבחינת מועמדותו של אדם לזכייה בפרס ישראל, הכלל הוא כי יישקלו אך תרומתו וסגולותיו המקצועיות של המועמד בתחום שלגביו עתיד להינתן הפרס.
נוכח כל האמור, אני מסכימה לעמדת חברי, השופט נ' סולברג, כי החלטת שר החינוך ניתנה תוך מתן משקל יתר לשיקולים אשר על-פי פסיקתו של בית משפט זה, יש לשמרם אך למקרים חריגים ונדירים במיוחד.
אני סבורה כי ככלל, ראוי לו לבית המשפט להעדיף את אפשרות הפעולה השנייה, שהגיונה בצדה, ולהשיב את הדיון בסוגיה הנדונה אל הרשות המינהלית המוסמכת לשם מתן החלטה מחודשת, זאת הפעם בשים לב להוראות שניתנו בפסק הדין המבטל את ההחלטה המקורית.