חוקת העבודה כללה בין היתר הוראות בנוגע לדין המשמעתי (פרק י"ג), אך מסיבות שונות שאינן נוגעות לענייננו, נושא הדין המשמעתי בחוקת העבודה לא הוחל על עובדי המועצות הדתיות.
בשנת תשל"ח תוקן חוק שירותי הדת (תיקון מס' 2) במסגרתו התווסף סעיף מס' 13 לחוק שכותרתו "החלת הדינים של שירות המדינה על עובדי המועצות". לענייננו נוגעים סעיפים 13(א) ו-13(ג) לחוק, בעיניין סמכות הממשלה להורות על החלת חוק המינויים וחוק המשמעת על עובדי המועצות הדתיות, כלהלן:
(א) השר, בהסכמת שר האוצר ושר הפנים, לאחר היתייעצות עם ארגון העובדים המייצג את המספר הגדול ביותר של העובדים במדינה (להלן – ארגון העובדים) ובאשור ועדת העבודה והרווחה של הכנסת, רשאי להורות כי הוראות חוק שירות המדינה (מינויים), תשי"ט–1959, והתקנות על פיו, יחולו כולן או מקצתן, על עובדי המועצות, בשינויים הנראים דרושים להתאמת ההוראות למבנה המועצות וכן בשינויים הנראים דרושים עקב ההחלה; שינויים אלה יפורטו בהוראה; הוראה לפי סעיף קטן זה יכול שתחול אף לגבי מי שנתקבל לעבודה לפני נתינתה ונימצא בשירות המועצה ביום תחילת ההוראה.
בשנת 2007 הגישה התנועה לאיכות השילטון עתירתה בנושא (בג"ץ 5436/07) ובשנת 2008 הוגשה עתירה דומה על ידי המרכז לפלוראליזם יהודי-התנועה ליהדות מיתקדמת בישראל (בג"ץ 2959/08) והדיונים בעתירות אוחדו.
עובדי המועצות הדתיות פועלים מזה שנים רבות בחלל נורמאטיבי, מצב שמטבע הדברים, עשוי לפגוע בתיפקוד המועצות הדתיות, בתדמיתן ובאמון הציבור בהן (למשקלו של השיקול בדבר אמון הציבור בטוהר השרות הצבורי בהקשר של הדין המשמעתי ראו, לדוגמה, בג"ץ 7074/93 סויסא נ' היועץ המשפטי לממשלה, פ"ד מח(2) 749 (1994)).
...
בהתחשב במורכבות העניין, ובכך שרק עתה, לראשונה, הוסדרו הדברים לראשונה בנהלים ויש ליתן פרק זמן על מנת לבחון את אופן יישומם, אנו סבורים כי יש ליתן למשיבים שהות נוספת, עד להסדרת הנושא בתקנות חלף הסדרתו בנהלים.
סיכומו של דבר, שאנו מקבלים את העתירה כלהלן:
ניתן בזה צו מוחלט המורה כי חוק שירות המדינה (משמעת), התשכ"ג-1963, והתקנות על פיו יחולו על עובדי המועצות הדתיות בשינויים המחוייבים, כמפורט בסעיפים א1-א2 ובסעיף ב' להחלטת הממשלה מספר 5128.
אנו קובעים כי חוזר מנכ"ל המשרד לשירותי דת מחודש פברואר 2013 על חמשת הנהלים שנקבעו בו, מהווה בשלב זה תחליף ליישום הוראות חוק שירות המדינה (מינויים), התשי"ט-1959, וכי על הממשלה לפעול בהקדם על מנת ליישם הוראות חוק זה באופן מלא על עובדי המועצות המקומיות.