על פי סעיף 12 לפקודה, קביעת סכום הפצוי נעשית על ידי הערכת שווי המקרקעין בהתאם לשווים בשוק החופשי, במועד ההפקעה, וזאת בהתאם לתמורה שהייתה מתקבלת בעיסקה רצונית.
בע"א 6744/20 מדינת ישראל נ' רשות מקרקעי ישראל נ' לילא טבר (7.7.22) פסקה 6 (להלן- "פרשת טבר"), קבע בית המשפט את מהות הפצוי והגדירו כסוג של נזק עת שקבע:
"הפצוי לו זכאי בעל מקרקעין בגין הפקעת זכויותיו על פי פקודת הקרקעות מורכב מישניים: האחד, פיצוי בגין השווי הנומינאלי (לא צמוד) של המקרקעין במועד ההפקעה (ביום פירסום ההודעה על פי סעיף 5(1) לפקודת הקרקעות. להלן: השווי ההסטורי), המכונה לעיתים פיצוי קרן או הון, וזאת בהתאם להוראות סעיף 12(ב) לפקודת הקרקעות (להלן: רכיב הקרן או פצויי הקרן); השני, המכונה לעיתים פיצוי פרותי, נועד לשקף את הנזק שניגרם לבעל המקרקעין שהופקעו בתקופה שבין מועד ההפקעה ועד לקבלת הפצוי בפועל (להלן: "הרכיב הפירותי").
...
כב' הנשיא א. גרוניס, בפסקה 11, בפרשת 'ארידור', ציין:
"בנסיבות אלה סבורני כי מן הראוי לקבוע תקופת מעבר בת שלוש שנים, החל ממועד מתן פסק דין זה, שבה לא תחול ההלכה החדשה שקבענו. ביחס לתביעות שתוגשנה בתקופה זו, כמו גם ביחס לתביעות לפיצויי הפקעה שעודן תלויות ועומדות וטרם ניתן בהן פסק דין חלוט, לא תתקבלנה טענות של התיישנות התביעה לפי חוק ההתיישנות. עם זאת, אין בכך כדי למנוע העלאת טענת שיהוי על ידי הנתבעים בתביעות אלה. איננו רואים מקום לקבוע בגדרי ההליך דנא מהם המבחנים לבירור טענת שיהוי ממין זה. יש להניח כי סוגיה זו תגיע לפתחו של בית משפט זה ביום מן הימים."
לעניין השיהוי ומשמעותו מפנה ב"כ הנתבעת בסעיף 23 לסיכומים מטעמה אל דברי כבוד השופטת נאור (כתארה אז) בפרשת 'ארידור': "דוקטרינת השיהוי נותנת ביטוי, בין השאר, לאינטרסים ציבוריים המצויים בבסיס רעיון ההתיישנות [...] על כן יש להימנע ממצב בו טענת שיהוי תחתור תחת הכלל הקובע היעדר התיישנות של תביעת פיצויי הפקעה. החלת דוקטרינת השיהוי ביחס לתביעת פיצויי הפקעה מחייבת איזון בין האינטרסים הציבוריים שבבסיס דוקטרינת השיהוי אל מול זכויותיו החוקתיות של התובע. איזון שכזה, בין אינטרס ציבורי לבין זכות חוקתית הוא אופייני לדיני ההפקעות (ענין קרן תורה, פסקה 18 לפסק דינה של חברתי השופטת ארבל; וראו גם דברי השופט רובינשטיין ב-בג"ץ 6108/03 סכאי נ' שר הבינוי השיכון, פסקה י"ז [פורסם בנבו] (11.3.2008)). לרוב מושג האיזון זה בגדרי החקיקה הראשית המגדירה את נקודת האיזון. ואולם, בענייננו, אין הדבר כך ונדרש איזון שיפוטי. טיבו של האיזון, כאיזון בין אינטרס ציבורי לזכות חוקתית, הוא איזון אנכי (השוו: ענין עיריית נצרת, 672 (המשנה לנשיא מצא)). ככלל, האינטרסים שבבסיס דוקטרינת ההתיישנות יטו את הכף לטובת הרשות המנהלית הנתבעת, באופן השולל למעשה את פיצויי ההפקעה, רק במקרים חריגים בהם הוכח כי הרשות שינתה מצבה לרעה (השוו: ענין נסייר, פסקה 10 וכן פסקאות 13-15 לפסק דינה של השופטת פרוקצ'יה).....".
כבוד השופטת נאור המשיכה וקבעה "חוצה את קו פרשת המים של שנות דור, ומבססת לכאורה טענה בדבר נזק ראייתי שנגרם לרשות המפקיעה באופן המצדיק את דחיית התביעה לפיצויי הפקעה מחמת שיהוי".
משכך הציעה, כבוד השופטת נאור, לקבוע, כי:
"... לכאורה חלוף תקופה של ארבעים שנה מחייבת את דחיית תביעת פיצויי ההפקעה מחמת שיהוי נוכח קיומו של חשש ממשי בדבר כפל פיצוי".
בהמשך הוסיפה וציינה:
"... חלוף תקופת דור של עשרים וחמש שנים, ממועד פרסום ההודעה אודות ההפקעה ועד הגשת תביעת פיצויי ההפקעה, מקים חזקה לפיה חלוף הזמן גרם לרשות המפקיעה נזק ראייתי".
עמדתה זו של כבוד השופטת נאור בעניין החלת חזקות בהליך הפקעת מקרקעין והעברת נטל הראיה הייתה ונותרה דעת מיעוט; אף עמדתה זו ביחס למאפייני השיהוי יונקת את קיומה מעמדתה השונה מעמדת הרוב בפרשת ארידור לפיה אין התיישנות לתביעה לפיצוי בגין הפקעה, ועל מנת לאזן את עמדתה זו, היא הציעה להחיל דגם מיוחד של שיהוי כמפורט לעיל.
חישוב בהתאם לפרשת טבר,
בפסקה 72 לפסק הדין בעניין טבר, קבע בית המשפט העליון "הנחיות להמשך", כדלהלן:
"מהמקובץ עולה כי גובה הפיצוי שיש לשלם ביחס למקרקעין מופקעים בתחומי התכנית המנדטורית צריך להיקבע באופן הבא:
לאור כל האמור, אני קובע כי התובעים זכאים לפיצויים בגין הפקעת חלקיהם בחלקה 6 בגין חלקיהם של המנוחים חנא ומטאלב מהווים 2/3 מהחלקה.
ג. על הסכום הכולל שיתקבל מהתחשיב לפי ס"ק (א) ו-(ב) יתווסף שכר טרחת עורך דין בשיעור של 15% בתוספת מע"מ.
אני מחייב את המדינה לשפות את התובעים בגין תשלום אגרת משפט, חלקם של התובעים בשכרה של המומחית מטעם בית המשפט, וכן בגין תשלום שכרו של המומחה מטעם התובעים בכפוף להוכחת התשלומים.