ועוד נכתב בסיכום הממצאים: "א. בקדוח אפעה 13 נימצאו ריכוזים חריגים של יונים שלא מאפיינים את אקוויפר חבורת יהודה בנגב (למעט קדוחי הבקע). ב. ריכוזים חריגים של יונים שנמצאו באפעה 13, נמצאים בריכוזים גבוהים בשפכים של רותם אמפרט ופריקלס. ... ה. הרכב כימי של המים, אפיניות, יחסים יוניים ויחסים מולריים מרמזים על סבירות גבוהה לקשר הידרולוגי בין מי השפכים של רותם אמפרט ופריקלס לבין הרכב המים כפי שנימצא בקדוח אפעה 13. ו. ניתוח היחסים המולריים של MG/CA בשפכים של פריקלס אינו מתאים ליחסים המולריים של אפעה 13, עקב הריכוזים הנמוכים יחסית של CA בשפכים של פריקלס. נתון זה אינו שולל כאמור את האפשרות שיש תרומת מים דרך הבולען לאקוויפר המיוצג על ידי אפעה 13. ז. הניתוח מתבסס על אנליזות לא מלאות ונתונים חלקיים שעמדו לרשות המחברים".
מחברי הדוח סייגו כאמור את מסקנותיהם: "אפשרות אחרת לערכי המליחות החריגים באפעה 13 היא עירבוב עם מי תמלחת עתיקה. בהסתמך על נתונים חלקיים, הן הניתוח ההידרוגיאולוגי והן הניתוח הכימי מרמזים על זהום. כדי לאמת או לשלול טענה זו מומלץ לבצע מחקר משלים שיכלול מעבר לאמור לעיל גם אנליזות של פחמן-14 וטריטיום על מנת לקבוע את גיל המים בקדוח אפעה 13".
דוח של ד"ר אביהו בורג (מהמכון הגיאולוגי) ושל ד"ר הרצל נאור (מחברת מקורות), האגף להידרולוגיה "קדוח אפעה 13 ממצאים המצביעים על זהום אקוויפר חבורת יהודה במישור רותם והמלצות לשיקומו" מפברואר 2000 צורף כנספח ז לבקשת האישור (עמ' 254-219 לבקשת האישור).
במקרה כזה, אפשר כי היה מקום למנות בהמשך, מומחה מטעם בית המשפט כדי לסייע בהכרעה בתחום זה.
אשר לטענה בדבר המצאות חומרים במים שאין מקורם במשיבות – בסעיף 5.4.4 לחוו"ד המומחה פרופ' לב נאמר: "באפעה 13 א נמצא כלורופורם בריכוז של 2.9 מקג"ל. זה אינו רכוז גבוה אולם לא ניתן להיתעלם ממנו ולהתייחס אליו כזיהום מקרי. כלורופורם הוא מאפיין בולט של פעילות תעשייתית או תוצר של חיטוי מים ומכאן שבתהליך הייצור של הגורם המזהם היה מעורב כלורופרם. דא עקא, כלורופורם אינו משמש כלל כחומר גלם ברותם אמפרט. ... כלורופורם יכול להווצר גם בתהליכי חיטוי מי שתייה וקולחים אולם לא מצאתי מקור פוטנציאלי למי שתייה או לשפכים ביתיים במעלה אקוויפר חבורת יהודה להוציא את איזור ערד ודימונה. אינני גאולוג, ואין בכוונתי לטעון לזכות או לשלילת אפשרות כזו ללא מודל הידרוגאולוגי שמשלב גם ממצאים כימיים".
לטענת המשיבות, המצאות כלורופורם ו TBP שוללת את הקשר בין המשיבות לזיהום.
ר' למשל עמ' 40 לדוח מרכדו; נספח ו לתשובת המבקשים – רישא לסיכום הדיון מיום 1.8.1989: " בישיבה נעשתה סקירה כללית על השפכים המורמים מהמפעלים במישור רותם, מהמפעל לייצור חומצה של פוספטים בנגב, מרותם דשנים וממפעל פריקלאס. שפכים חומציים של פו"ב ופריקלאס נשפכים למאגר הנקרה אגם א', שפכים לא חומציים ממתקן לשטיפת פוספט מרותם דשנים מועברים לאגם ב' ושפכים של פריקלאס ברמת מלחים גבוהה מוזרמים לבריכה קיימת בתוך המפעל. בכל שלושת המאגרים הנ"ל מחלחלים השפכים לקרקע"; עמ' 9, סיפא 10 רישא לנספח 11 לתשובת המשיבות.
בית המשפט המחוזי שם דחה את בקשת האישור ואת פרשנות המבקש שם למונח "קניין הציבור", וקבע:
"לאחר ששקלתי, את האפשרויות הפרשניות למונח "קניין הציבור" ולמונח "נתונים לשליטתה של המדינה", כפי שפורט לעיל, שוכנעתי כי לא ניתן לקבל את הפרשנות המוצעת על ידי המבקש למונח "קניין הציבור". הובהר ממקרא לשון החוק בשלמותו, כי המים הם קניין צבורי יקר ערך, כאשר השמוש בהם נעשה בכפוף לרגולציה ולפיקוח הדוק של הממשלה.
...
במצב דברים זה אין מנוס מדחיית בקשת האישור על הסף, חרף המסקנה כי הוכחה עילת תביעה לכאורה, וחרף ההכרה בחשיבות פעילות המבקשים להצלת מקורות המים והטבע.
בנסיבותיו של ההליך, חרף הסיכון שבפניו עמדו המשיבות בגין ההליך, ואשר בשלו ברי כי הוציאו הוצאות לא מבוטלות, הרי שבהינתן כובד השיקול של אי הרתעת תובעים פוטנציאליים, ובייחוד כאשר מדובר במאבקים סביבתיים שתכליתם העיקרית הגנה על הטבע ועל האינטרס הציבורי, ולא התעשרות הפרטים התובעים, וכאשר בוססה לכאורה טענת המבקשים לפיה אחראיות המשיבות לכל הפחות לחלק ניכר מזיהום מקורות המים, סבורני, כי נכון שלא לעשות צו להוצאות.
בקשת האישור נדחית אפוא.